Рабби Акива Эгер родился в Айзенштадте – самом важном городе семи еврейских общин Бургенланда, Венгрия (ныне Австрия). Он был вундеркиндом и получил образование сначала в Йешиве Маттерсдорф, а затем у своего дяди, Рабби Вольфа Эгера (1756–1795), в Йешиве Бреслау (Вроцлав), который позже стал раввином Бялой Прудницкой и Лейпника. Из уважения к дяде он сменил фамилию на Эгер. Поэтому он разделял полное имя Акива Эгер со своим дедом по материнской линии, первым раввином Акивой Эгер (1722–1758), автором Мишны Де’Ребби Акива, который был раввином Зюльца, Силезия с 1749 г. и Прессбург с 1756 г.

Он был раввином Меркиш Фридланд, Западная Пруссия, с 1791 по 1815 год; затем последние двадцать два года своей жизни он был раввином города Позен (Познань).

Он был строгим сторонником старой школы, и его главными работами были юридические примечания и ответы на Талмуд и Шулхан Арух. Он был решительным противником реформистского движения, которое начало давать о себе знать в его время.

Потомство
Два его сына, Авраам (1781–1853) был раввином в Калише, Польша, и Соломон (1785–1852), главный раввин Позена с 1837 по 1852 год. Его дочь Сорель (Сара) Эйгер Софер (1790–1832) была второй женой  Хатам Софера (1762–1839) из Прессбурга.

Его сын Рабби Шломо сел Шиву за своего сына Лейбеля Эйгера, когда тот стал учеником хасидского раввина Менахема Менделя из Коцка. Позже Лейбель Эйгер ушел учиться у раввина Мордехая Йосефа Лейнера, автора «Мей Шилоах» и основателя династии Ижбица-Радзын, и стал ребе (вместе с Яаковом Лейнером) после смерти раввина Лейнера.